Rektori është autoriteti më i lartë akademik i AS-së, si dhe përfaqësuesi ligjor i saj për çështje akademike dhe protokollare. Rektori zgjidhet nga anëtarët e personelit akademik të njësive kryesore dhe studentët. Votat e studentëve në përzgjedhjen e rektorit llogariten në masën 10% të totalit të përgjithshëm të votave. Kandidatët për rektor vetëkandidohen dhe konkurrojnë në përputhje me përcaktimet e nenit 39 të ligjit nr. 80/2015 “Për arsimin e lartë dhe kërkimin shkencor në institucionet e arsimit të lartë në Republikën e Shqipërisë”. Ata duhet të plotësojnë kriteret e mëposhtme:
kandidati vjen nga radhët e personelit akademik të institucionit të AS-së dhe mban titullin “Profesor”, dhe në mungesë të kandidaturave nga AS-ja, pranohen kandidatura nga jashtë këtij institucioni, të cilat mbajnë titullin “Profesor”; kandidati të ketë jo më pak se 10 (dhjetë) vite përvojë akademike në mësimdhënie ose në kërkim shkencor; kandidati të ketë përvojë akademike në cilësinë e titullarit të disiplinave të lëndëve, të kenë zhvilluar kurrikula, programe lëndësh, të ketë përgatitur literaturë mbështetëse dhe/ose të ketë zhvilluar projekte kërkimore etj., prej të paktën 5 vitesh; të mos ketë masë disiplinore në fuqi; të mos ketë papajtueshmëri, në kuptim të ligjit nr. 45/2015 “Për të drejtën e informimit për dokumentet e ish-Sigurimit të Shtetit të Republikës Popullore Socialiste të Shqipërisë” dhe ligjit nr. 138/2015 “Për garantimin e integritetit të personave që zgjidhen, emërohen ose ushtrojnë funksione publike”; zgjedhja e rektorit realizohet në përputhje me ligjin nr. 80/2015 “Për arsimin e lartë dhe kërkimin shkencor në institucionet e arsimit të lartë në Republikën e Shqipërisë” dhe me “Rregulloren e zgjedhjeve të AS-së”.
Rektori dekretohet nga Presidenti i Republikës, me propozim të ministrit përgjegjës për rendin dhe sigurinë publike dhe ministrit përgjegjës për arsimin, pas votimit të bërë në AS, në zbatim të rregullave të përcaktuara nga ligji për arsimin e lartë.
Mandati i rektorit zgjat katër vjet. Ai shërben në detyrë për një mandat, me të drejtë rizgjedhjeje sipas ligjit të arsimit të lartë. Pas përfundimit të mandatit, vazhdon të jetë anëtar i personelit të njësisë bazë ku kryen veprimtarinë e tij akademike. Marrëdhëniet e rektorit me organet dhe autoritet e tjera drejtuese të AS-së, mënyra dhe kushtet e ushtrimit të kompetencave të tij, parashikohen në “Rregulloren e AS-së”.